Uuringud 1995-2013
Aastatel 1995-2011 viidi endisel sõjaväealal Paldiski objektil läbi laiaulatuslikud konserveerimis-, puhastus- ja rekonstrueerimistööd, sest objektil leidus hulgaliselt radioaktiivset- ja mitteradioaktiivset jääkreostust, mis oli ohuks pinna- ja põhjaveele ning pinnasele. Muuhulgas puhastati ja lammutati mitmed ehitised ning peahoonesse rajati radioaktiivsete jäätmete vaheladustuspaik.
Aastatel 1999-2001 teostatud Euroopa Liidu (EL) projekti “Paldiski reaktorisektsioonide käitlemise alternatiivide hindamine” (ingl Evaluation of Management Routes for the Paldiski Sarcopahagi) tulemusena leidis projekti ekspertkomisjon, et kiirgusohutuse ja jäätmete ladustamise seisukohast on otstarbekas alustada objekti olulisemaks jääkreostuse allikaks olevate reaktorisektsioonide lõpliku likvideerimisega (dekomissioneerimisega ehk sektsioonide desaktiveerimise ja täieliku demonteerimisega) peale 50. aastast hoiustamist, so. orienteeruvalt 2040 aastal (hoiustamise alguseks loetakse 1989. aastat, millal reaktorite töö peatati). Otsuse tegemisel eeldas projekti ekspertkomisjon, et 2040. aastal algava reaktorisektsioonide dekomissioneerimise käigus tekkivad radioaktiivsed jäätmed ladustatakse hiljemalt selleks ajaks rajatud radioaktiivsete jäätmete lõppladustuspaika. 1997. aastal rajatud vaheladustuspaik on planeeritud arvestusega, et sinna on võimalik mahutada kõik Eestis tekkivad jäätmed (sh. Paldiski tuumaallveelaevnike õppekeskuse tuumaobjekti dekomissioneerimise käigus tekkivad radioaktiivsed jäätmed ja Tammiku radioaktiivsete jäätmete hoidlast eemaldatud jäätmed), välja arvatud reaktorisektsioonide dekomissioneerimise tekkivad jäätmed.
Aastatel 2005-2008 teostatud EL PHARE projekti “Paldiski sarkofaagide pikaajaline ohutu hoiustamine ja sellega seotud demonteerimistööd” (ingl Safe Long-Term Storage of the Paldiski Sarcophagi & Related Dismantling Activities) raames paigaldati hoiustamistingimuste parandamiseks korrosioonikindluse tõstmise eesmärgil sarkofaagidesse õhukuivatussüsteem, paigaldati reaktorisektsioonidele võimaliku saaste lekkimise operatiivseks avastamiseks seiresüsteem ja renoveeriti reaktoreid ümbritsev peahoone parandades nii hoone ilmastikukindlust.